こんにちは。
うえしんです。

以前よく使わせていただいていて、ここしばらくは離れていたのですが、
久しぶりに更新されたということで試してみました。
やっぱりツールにコンポーネントがインジェクトされるのは便利です。

さて、早速で申し訳ありませんが、
（おそらく）applicationスコープ以外でtoolbox.xmlに登録されているツールで

org.seasar.framework.container.TooManyRegistrationRuntimeException

を発生する場合があることを確認しました。

具体的には

AutoRegisteringS2ServletToolInfo.javaの60行目（ツールのコンテナへの登録）

が複数回呼ばれる可能性があります。
（webapp起動直後にほぼ同時に複数のリクエストがあった場合など）
これにより、同名のコンテポーネントが複数回登録され、
TooManyRegistrationRuntimeExceptionを発生させることになります。
（Eclipseなどで50行目～60行目あたりでサスペンドさせると再現できます。）

回避策としましては、
60行目のregister前後をsynchronizedなどでブロックさせ、
再度 container.hasComponentDef で登録確認を行うなどが考えられると思います。

ご確認、よろしくお願いします。