注釈処理のオプションで
sql.validation=false
を指定するとSQLのバリデーションを行わなくなる。

主に、静的解析ツールなどで、Java部分のビルドだけが目的の場合に使用することを想定。
推奨しないが、Eclipse以外のIDEで使いやすくなる（Eclipse以外のaptではSQLファイルにアクセスできないので）。