再現手順
1 Doltengプロジェクトを作成
2 データベースビューを表示し、クリックしてツリーを展開する
3 データベースビューを閉じる
4 パッケージエクスプローラで2で開いたプロジェクトを右クリック→削除
ディスク上からも削除するにチェック「Delete project contents on disk (cannot be undone)」
5 エラーが起きて削除できない
An exception has been caught while processing the refactoring 'Delete Resource'.
Reason: Problems encountered while deleting resources.

回避方法
Delete project contents on diskはチェックせずに削除し、
実際のファイルはエクスプローラで削除する。