プロジェクトを新規に作成する際に、flexSrcPathがセットされず、プロジェクトのルートフォルダにファイルが生成されてしまいます。

org.seasar.dolteng.projectsのplugin.xmlで

<contextProperty name="flexSrcPath" value="src/main/flex" />
と書かれていますが、プロジェクト生成時に反映されていないような動作になります。
flexSrcPathが指定されていないことで、プロジェクト生成時にディレクトリを作成する際に
プロジェクトrootフォルダがflexsrcのrootになってしまいます。

plugin.xmlで
<entry path="${flexSrcPath}/${packagePath}/dto" />
と書かれていると、flexSrcPath=プロジェクトrootフォルダになってしまいます。

上記と関連して、プロジェクトを新規に生成した直後にscaffoldでアプリケーションを生成すると
Flexのコードがrootフォルダ直下にコードが生成されてしまいます。

回避方法としては、scaffoldはプロジェクトを一度閉じて再び開けば正しい位置に生成されるようになります。
しかし、プロジェクト生成時に作成するフォルダのパスは解消されません。