http://dbflute.sandbox.seasar.org/contents/dbvendor/db2.html

上記ドキュメントの記述で、「db2java.zipを使う」とありますが、これは「db2jcc.jarとdb2jcc_license_cu.jarを使う」に変更された方が良いのではと思います。

(以下、理由です）
ドキュメントにはドライバクラスの例としてdriver = com.ibm.db2.jcc.DB2Driverと記述がありますが、このクラスはdb2java.zipには含まれていません。db2java.zipを使う場合のドライバクラスは、 COM.ibm.db2.jdbc.app.DB2Driverになります。

ただしdb2java.zipは現在では使用を推奨されていません。
今はdb2jcc.jarに含まれる新しいJDBCドライバの使用の使用が推奨されます。
その場合のドライバクラスはcom.ibm.db2.jcc.DB2Driverになります。

また、db2jcc.jarを使う場合で、かつDB2 v8.1.2以降を使用する場合は db2jcc_license_cu.jarファイルもCLASSPATHに含める必要があります。

つまり、

db2java.zip -> COM.ibm.db2.jdbc.app.DB2Driver
db2jcc.jar(+db2jc_license_cu.jar) -> com.ibm.db2.jcc.DB2Driver

という対応になっています。

(ご参考までに：V8でのJDBCドライバの変更点については以下にまとまっています）
http://www-06.ibm.com/jp/software/data/developer/library/techdoc/java.html

また、DB2 9.5以降ではJDBC 4.0に対応した新しいJDBCドライバとして、db2jcc4.jarが追加されています。JDBC 4.0の新機能を使用するには、db2jcc.jarに変えてdb2jcc4.jarを使用する必要があります。