H2やDerbyは知らない間にバージョンが上がっていることがある。
これらは都度都度あげていくしかないと思われる。
ただ、無闇に上げるとのは微妙である。(動きが変わってしまったことがある)

そもそもライセンス的な問題で同梱がまずいものがあると思われる。

[Oracle]
http://dist.codehaus.org/mule/dependencies/maven2/oracle/ojdbc14/10.2.0.2/
で、配布されているくらいなので、再配布可能！？

[DB2]
http://www-06.ibm.com/jp/domino02/NewAIS/aisextr.nsf/ByLetterNo/DBA04076?OpenDocument&ExpandSection=1
http://www-1.ibm.com/support/docview.wss?uid=std332052ccf098b45b84925725e0005c751
再配布OKなようだが、この言葉がよくわからない。
「ISV や企業内プログラマーによる DB2 RTCL 再配布を容易にするための契約条件の設定」

[SQLServer]
http://msdn2.microsoft.com/ja-jp/library/aa342329.aspx
「アプリケーションと共に JDBC ドライバを再配布」であればOKらしいが、
事前に登録が必要だとのこと。。。

結論としては：

ライセンス的に同梱できるものはする。同梱しないものに関しては、
利用者が「mydbflute/dbflute-0.x.x/lib/forExecute」配下に自分で配置することとする。
「クラスがないエラー」が多発すると思われるので、エラーメッセージを強化する。

同梱しているJDBCドライバのバージョンアップは都度都度行うが、
大きな動きの変更がないことを確認する。