org.seasar.dao.pager.PagerResultSetFactoryLimitOffsetWrapperクラスの
getCount(PreparedStatement ps, String baseSQL)メソッドで結果件数
を取得していますが、件数を取得するのに不要な oreder by が付いたまま
実行されてしまいます。

直接SQLを実行しレスポンスを比較した結果、格段にレスポンスが
違いましたので、getCountメソッドが発行するSQL文からOrder by句を
削除して実行していただけないでしょうか。