仕様かどうかという直接の回答ではないのですが、現状は先頭が/*IFで始まり、かつ、Queryアノテーション内に含まれる全てのIF部分がfalseの時には、アノテーションで指定した全体がなくなっていると思われます。

org.seasar.dao.impl.DaoMetaDataImpl#createAutoSelectSqlの部分で/*IFで始まるQueryアノテーションは全体をBEGINコメントで囲っているからなのですが、これを入れないとQueryアノテーション内のIFコメントが全てfalseの時にWHEREが残ってしまう場合がありますね。

仮に対応するとIFコメントで囲まれない条件がある場合はBEGINコメントを無視する...とかになりますが、互換性がなくなってしまうため現状では制限項目にするしかないと思います。