http://cubby.seasar.org/cubby-archetype/index.html のあたりとか、htmlなどが最新じゃないようです。
svnのwwwもゴミがのこっているっぽい(/trunk/www/cubby/site あたり)ので、いったん全部置き換えてみてもいいんじゃないでしょうか。