Windows Vista + IE 7.0.6000.16575で下記のページの文字コードがUTF-8ではなくShift-JISと自動認識され、白紙ページが表示されます。
XP + IE6だと正常に表示されます。

http://cubby.sandbox.seasar.org/download.html
http://cubby.sandbox.seasar.org/unit.html
http://cubby.sandbox.seasar.org/tips.html
http://cubby.sandbox.seasar.org/mail-lists.html
http://cubby.sandbox.seasar.org/team-list.html
http://cubby.sandbox.seasar.org/mail-lists.html
http://cubby.sandbox.seasar.org/dependencies.html
http://cubby.sandbox.seasar.org/project-reports.html

HTMLで<title>タグより先に<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /> を配置すれば正常に表示されました。
おそらくIE7がHTMLの<meta>タグ が来る前に<title>タグで日本語が使われている時に、使われている文字によって、文字コードの自動認識に失敗しているんだと思います。

対処法は2つあります。

1. 毎回手動でHTMLを直す
2. オリジナルのsite.vmを使う
   　参考: http://www.coderoshi.com/2007/02/generating-site-and-documentation-in.html
   　* site.vm でページ内検索

MavenのJIRAに先日default-site.vmを直して欲しいと投げておきましたが、まだ反応ありません。
http://jira.codehaus.org/browse/DOXIASITETOOLS-8

もしHPをもっとカスタマイズするのであれば、2のオリジナルsite.vmを用意するついでに直しても良いのかなと思います。