SQLのログですがDateTime型を使っていると
ログが
select * from hoge where x < '2001-01-01 00.00.00'
のようになります。
SQL Serverの場合このSQLをそのままながすことができず
select * from hoge where x < '2001-01-01 00:00:00'
のようにいちいち変換しないといけません。

DB依存の部分だとおもいますのでどんなフォーマットでだすかユーザが設定できるように
したほうがいいと思いますがどうでしょうか？

こんな感じで。

<component class="Seasar.Extension.ADO.Impl.BasicCommandFactory">
<property name="SqlLogDateTimeFormat">"yyyy-MM-dd HH:mm:ss.fff"</property>
</component>

patchを作成しましたので検討お願いします。