現状のComponentAutoRegisterは、展開されていないwarファイルの中のclassファイルには対応していません。
ZipFileStrategyが対応しているかと思っていたが、アーカイブ内のパスをFQCNとしてみているため、"WEB-INF.classes.org.seasar..."といったクラス名と判断されてしまっています。

対応案としては、

• (a) "WarFileStrategy"を追加で作成するか、
• (b) ZipFileStrategyで、"WEB-INF/classes"始まりだったらそれを除外する

の2通りがあるのかな、と思います。