自動生成されるweb.xmlで*.ajaxもencodingfilterに通すのは如何でしょうか。
htmlは通すようになっていますし、統一感として*.ajaxもencodingfilterを通すのが自然かと思いました。
実際、これがないとTeeda Ajaxの利用で日本語の文字化けを起こしました。