コンフリクトが発生しているというログが出ます。

!ENTRY org.eclipse.ui.workbench 2 0 2009-10-14 08:42:51.375
!MESSAGE A handler conflict occurred. This may disable some commands.
!SUBENTRY 1 org.eclipse.ui.workbench 2 0 2009-10-14 08:42:51.375
!MESSAGE Conflict for 'org.seasar.s2junit4plugin.command.openDiconPair':
HandlerActivation(commandId=org.seasar.s2junit4plugin.command.openDiconPair,
handler=ActionDelegateHandlerProxy(null,org.seasar.s2junit4plugin.action.OpenClassPairAction),
expression=WorkbenchWindowExpression(org.eclipse.ui.internal.WorkbenchWindow@1c0b8a0),sourcePriority=16384)
HandlerActivation(commandId=org.seasar.s2junit4plugin.command.openDiconPair,
handler=ActionDelegateHandlerProxy(null,org.seasar.s2junit4plugin.action.OpenDiconPairAction),
expression=WorkbenchWindowExpression(org.eclipse.ui.internal.WorkbenchWindow@1c0b8a0),sourcePriority=16384)

plugin.xml では下記のように定義されています。
<key
commandId="org.seasar.s2junit4plugin.command.openClassPair"
contextId="org.eclipse.ui.textEditorScope"
schemeId="org.eclipse.ui.defaultAcceleratorConfiguration"
sequence="M1+M2+9">
</key>
<key
commandId="org.seasar.s2junit4plugin.command.openDiconPair"
contextId="org.eclipse.jdt.ui.javaEditorScope"
schemeId="org.eclipse.ui.defaultAcceleratorConfiguration"
sequence="M1+M2+9">
</key>

Java Editor は textEditorScopeでもあり javaEditorScopeでもあるためではないかと推測しますが、詳細までコードを追ってはいません。