情報不足で済みません。SAStruts用というのは不正確でした。 SAStruts + Kuina-Dao の場合に起きています。

対応しました．
http://svn.seasar.org/browse/?view=rev&root=sandbox.dolteng&revision=258

SAStrut+S2Dao，SAStruts+Kuina-Daoだと重複しますね．直しておきます．

trunkで試す限り、aop.traceInterceptorしか、出力されません。
SAStruts + S2JDBCの組み合わせで試しました。

DoltengでSAStruts用にプロジェクトを生成した場合
serviceCustomizerの設定が以下の様に生成されており2重にトレース情報が出力されているということなのですが。。。
これはやむを得ないと云うことなんでしょうか

<component name="serviceCustomizer" class="org.seasar.framework.container.customizer.CustomizerChain">
<initMethod name="addAspectCustomizer"><!-- ここと -->
<arg>"aop.traceInterceptor"</arg>
</initMethod>
<initMethod name="addCustomizer"><!-- ここ -->
<arg>traceCustomizer</arg>
</initMethod>
<initMethod name="addCustomizer">
<arg>
<component class="org.seasar.framework.container.customizer.TxAttributeCustomizer"/>
</arg>
</initMethod>
</component>

どの辺が二重なのかがわかりませんが、actionCustomizerとかぶっているということなら、
それは意図的なものです。
ServiceはAction経由で呼ばれるとは限らないからです。
例えば、Flexから呼び出されるときは直接呼び出されます。