↑と思ったのですが、ResultSetのメタデータとカラム名を比較しているところはクォートを考慮した比較が必要なのでFastPropertyTypeFactoryBuilderを使っても解決しませんでした。すみません。。。
あと、Argumentアノテーションにクォートつきで指定した場合の挙動なども確認する必要がありそうですね。

1.0.47から追加されるFastPropertyTypeFactoryBuilderを使うとアノテーションに指定されて名称がそのまま使われるので、クォート付きのSQLの発行はできることはできますね。TableNamingやColumnNamingの実装を作成すれば、デフォルトでクォート付きも実現可能だと思います。

FastPropertyTypeFactoryBuilderを使わないときは対応が必要ですが、上記の方法で満足してもらえるならばそれでいいのかなぁと思います。改めて要望を確認してみたいですね。

初めまして、西方と申します。
本間さんがおっしゃっているように、SQL Serverでは下記のように予約語のエスケープに "[" , "]" を使用します。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/ms176027.aspx

"\～\"でのエスケープに加えて、"[～]"のエスケープもサポートしていただけませんでしょうか。
よろしくお願いいたします。

MSSQLでは、"[FROM]"のように大括弧である必要があるかも、という話を聞きました。
詳しくは、追ってコメントいただけるかと思います。