ドキュメントのセットアップ、移行ガイドに追記しました。
FAQ のページも追加しました。

上記設定はサーブレットコンテナ全体に対しての設定となるので、org.seasar.cubby.filter.EncodingFilter を追加して、エンコードを指定できるようにしました。
org.seasar.extension.filter.EncodingFilter との違いは、

1. 初期化パラメータ encoding の初期値を持ちません。org.seasar.extension.filter.EncodingFilter は encoding を指定しない場合 Windows-31J になりますが、こちらは encoding を指定しなかった場合はリクエストのエンコーディングを設定しません。
2. 初期化パラメータ forceEncoding を true に設定することで、リクエストヘッダで charset が指定されている場合も encoding でそれを上書きします。
3. 初期化パラメータ URIEncoding で HttpServletRequest の getServletPath() と getPathInfo() で取得できる文字列のエンコーディングを指定できます。以下のようなコードで文字列を再構築します。

   new String(オリジナルのパス文字列.getBytes("ISO-8859-1"), URIEncoding);
   

   念のため、"ISO-8859-1" の部分も初期化パラメータ URIBytesEncoding で指定できるようにしてあります。

Tomcat ならば、conf/server.xml の Connector ディレクティブに URIEncoding でエンコーディングを設定することで、getServletPath() と getPathInfo() で指定されたデコードされた文字列を取得できます。

<Connector connectionTimeout="20000" port="8080" protocol="HTTP/1.1" redirectPort="8443" URIEncoding="UTF-8" />

1.0.x では HttpServletRequest#getRequestURI を使っていました。
これは URL エンコードされた文字列が取得できるので文字化けしていなかったのですが、Jettyでは getRequestURI() の結果にセッションIDを表す文字列(;jsessionid=...)も含まれてしまいますので、パスのマッチングがうまくいきません。
なので、1.1.x では HttpServletRequest#getServletPath() と HttpServletRequest#getPathInfo() で URI を組み立てるように変更しました。
ここで Tomcat の場合、URI にマルチバイト文字が含まれると getServletPath() の結果は URL エンコードされた文字列ではなく ISO-8859-1 でエンコードされた文字列になってしまいます。(Jetty の場合は UTF-8 でエンコードされるので化けていない)