コメントアウトしておきました。
コマンドですべて指定するパターンはまだ不安定なようなので、インタラクティブにプロジェクト情報を指定する方法を残してあります。

cubby-archetype-1.0.0.jar がローカルリポジトリにない状態だと、うまくダウンロードできないようです。

ローカルリポジトリにある状態だと、以下のコマンドで作成できました。

mvn archetype:generate 
-DgroupId=com.example 
-DartifactId=foo 
-Dversion=1.0-SNAPSHOT 
-Dpackage=com.example.foo 
-DarchetypeGroupId=org.seasar.cubby 
-DarchetypeArtifactId=cubby-archetype 
-DarchetypeVersion=1.0.0 
-DarchetypeRepository=http://maven.seasar.org/maven2/ 

コマンドですべてオプションを指定する方法はコメントアウトしておきましょうか？

コマンドからも archetype:generate で作成できました。
archetype:create は1.0との互換性のためにのこしてあるゴールなのでドキュメントを修正しておきます。

trunkとbranches/1.0.xを更新しました

いまいろいろ試してたら、もう -U コマンドをつけなくても archetype-plugin は 2.0-alpha-2 がダウンロードされるみたい。
バージョンの表記があるところ、直しておきます。

コマンドで全部指定するのが archetype:create で、
インタラクティブに指定するのが archetype:generate だと思います。

バージョンが 2.xの場合もgenalateではないかというご指摘あり。