S2Dxoを使用してTimestamp型同士の詰め替えをすると、ナノ秒が抜け落ちてしまいます。
おそらく、SqlTimestampConverterにディープコピーの対応がなされたときからだと思うのですが、
Timestamp型のコピー時は new Timestamp(long) の後に setNanos(int) でナノ秒もコピーを。

java.sql.TimestampのJavadocにもあるとおり、java.utl.Dateのサブクラスだと思ってくれるなとの
ことなので（JDKの設計がマズイだけだと思いますが）、現状のコードのように instanceof Date の
分岐に入ってしまうのは良くないと思います。