対応しました．
http://svn.seasar.org/browse/?view=rev&root=s2container&revision=3070

SimpleWhere はシンプルなままの方がいいという意見もあるので or() および and(Where) は SimpleWhere から削除し，新たに ComplexWhere というクラスを追加します．

コメントのように修正しました．
http://svn.seasar.org/browse/?view=rev&root=s2container&revision=3019

SimpleWhere に and(Where) メソッドを追加して，

where(new SimpleWhere()
  .eq("a", 1)
  .eq("b", 2)
  .and(new SimpleWhere().eq("c", 3).or().eq("d", 4))
  .eq("f", 5))

のようにしてみようかと．
これで

a = ? and b = ? and (c =? or d = ?) and f = ?

になるという具合．

少し流れが悪い気もするけど，あまり多用して欲しいものではないのでまぁいいのかな，と．
or が一つ入っただけで SimpleWhere が使えなくて，where(String, Object...) を使うか SQL ファイルを使わなくてはいけないと落差が激しいので，ギャップを埋めるくらいの位置づけということで．

でもでも，これだと a=? and (b=? or c=?) みたいなのが表現できない．．．
また再オープンするかも．
結局，構文はツリーなんだからフラットなメソッドチェーンでは限度があるので，どういう呼び出しを流れるようにするかの割り切りが必要かも．
上の修正で表現できるのは (a=? and b=?) or (c=? and d=?) みたいな形．
a=? and (b=? or c=?) は (a=? and b=?) or (a=? and c=?) と等価だから表現できないわけじゃないけど．．． カッコ悪い．

上のコメントのように修正しました．
http://svn.seasar.org/browse/?view=rev&root=s2container&revision=3016

thx.
流れるようなインターフェースは、まだ確立されていない分野なので、
いろいろ試行錯誤しながら、最適解をさぐっていきましょ。

http://d.hatena.ne.jp/higayasuo/20071025#1193319054
を読んで

new Or(new SimpleWhere()...).or(new SimpleWhere()...)

は流れないのでインタフェースを再考．

new SimpleWhere().eq(...).or().eq(...)

にしてみます．
or() が呼び出されるとそれまでに追加された条件をひとまとめする方向で．

対応しました．
http://svn.seasar.org/browse/?view=rev&root=s2container&revision=3014

Or クラスを追加しました．以下のように使えます．

jdbcManager
  .from(Employee.class)
  .where(new Or(new SimpleWhere().eq("name", "foo")).or(new SimpleWhere().eq("name", "bar"))
  .getResultList();

クラス名が微妙かも．SimpleWhere と不揃いかも．
でもこれくらい短い方が流れを妨げなくていいかなと．