状況としては、strutsコンフィグファイルを分割（モジュール分割では
無く単純にファイルを分割）しており、web.xmlに以下のように登録して
いるにも関わらず、常にstruts-config.xmlという名前のコンフィグ
ファイルしかリロード対象になっていないようでした。

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<servlet>
<servlet-name>action</servlet-name>
<servlet-class>org.apache.struts.action.ActionServlet</servlet-class>
<init-param>
<param-name>config</param-name>
<param-value>
/WEB-INF/struts-config.xml,/WEB-INF/useradmin-struts-config.xml
</param-value>
</init-param>
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ソースコードを確認したところ、

org.seasar.struts.hotdeploy.impl.ModuleConfigLoaderImplのloadメソッド
中に、
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if ("".equals(prefix))

{ config = initModuleConfig(prefix, "/WEB-INF/struts-config.xml"); }

else

{ ... }
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と直接ファイル名が指定されている部分があり、これを
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if ("".equals(prefix)) { config = initModuleConfig(prefix, getServletConfig().getInitParameter("config")); } else { ... }

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と変更したところ正常に動作させることが出来ました。