以前Teedaでも同じような話が
[Seasar-user:6345]にてあったかと思いますが、
S2JSFでも同様と思われる事象が発生しました。

検証したのはs2jsf-example-1.0.25です。
PhaseChangeTracerを有効にして確認しました。

hello/hello.html?a=bを指定しアクセスすると
RestoreViewの後にApplyRequestValues以降のPhaseが
処理されます。
hello/hello.htmlのみの場合
RestoreView -> RenderResponseとなります。

S2JSF1.0.x、1.1.xどちらでも発生する可能性あり。