プレゼンテーションにS2Flex2を選択した際に生成される.actionScript.PropertiesでFlex SDKのバージョンを指定していないので
Flex Builder 3でそのままコンパイルすると、S2Flex2-componentsの互換性の問題でエラーになってしまう。

SDKのバージョン指定(Flex 2.0.1 Hotfix 3)
通常設定されるコンパイラオプションの指定がない(-locale ja_JP)
Flash Player のバージョン指定が古い(9.0.28)

上記３点
org.seasar.dolteng.projectsのtemplate/s2flex2/.actionScript.Propertiesを修正することで対応可能。

<compiler additionalCompilerArguments="-locale ja_JP" copyDependentFiles="true" enableModuleDebug="false"
flexSDK="Flex 2.0.1 Hotfix 3" generateAccessible="false" htmlExpressInstall="true" htmlGenerate="true" htmlHistoryManagement="true"
htmlPlayerVersion="9.0.28" htmlPlayerVersionCheck="true" outputFolderPath="${webAppRoot}/bin"
rootURL="http://localhost:8080/${projectName}/bin" sourceFolderPath="src/main/flex"
strict="true" useApolloConfig="false" verifyDigests="true" warn="true">