antでbuildするとorg.seasar.s2click.control.graybox.loader_frame.htmlがjarファイルに追加されないようです。

実行ログとしては以下のものが出力されます。
[Click] [warn ] error occured deploying resource /org/seasar/s2click/control/greybox/loader_frame.html, error java.io.IOException: could not locate classpath resource: /org/seasar/s2click/control/greybox/loader_frame.html

とりあえずbuild.xmlを以下のように修正すれば問題はなくなりました。

target comple内の<copy todir="${bin.dir}">に<fileset dir="${src.dir}" includes="*/.html" />を追加